Das Museum Bautzen bewahrt heute einen bedeutenden landeskundlichen Bestand von mehreren hunderttausend Objekten. Dieser setzt sich zusammen aus verschiedenen Sammlungen, die seit der Gründung des Museums von Förderern, Stiftern und Spendern sowie durch Ankäufe zusammengetragen wurden. Dazu gehören eine naturkundliche, eine ur- und frühgeschichtliche, eine volks- und regionalkundliche und eine stadt- und kulturgeschichtliche Sammlung sowie die Kunstsammlung. Das vielfältige Sammlungsprofil des Hauses wird in der Dauerausstellung in den Themenebenen Region, Stadt und Kunst präsentiert.

Der Themenrundgang REGION
Im Rundgang REGION illustrieren Exponate aus der archäologischen Sammlung die Entstehung und Besiedlung der Oberlausitz in ihrer historisch maximalen Ausdehnung. Konkret wird das Leben der frühen Wildbeuter vor 40.000 Jahren, der sesshaften Bauern um 2400 bis 500 v. Chr. und der frühmittelalterlichen Milzener um 800 n. Chr. geschildert. Die Nachbildung eines Hügelgrabes oder das Modell eines Rennofens zur Gewinnung von Eisen sowie zahlreiche Hortfunde aus der frühen Bronzezeit machen diese schriftlose Zeit verständlich. Auch die volkskundliche Sammlung steht für den regionalen Aspekt. Die Ausstellungsräume mit ihren niedrigen Decken und knarrenden Holzdielen, mit Kachelofen und Webstuhl sind besonders nah am Leben von Bauern, Bürgern und Gesinde im 17., 18. und 19. Jahrhundert. Hier werden Religion, Hausbau, Nahrung, Kleidung, Bildung und Erziehung beschrieben sowie die verschiedenen Handwerkszweige Weberei, Teich- und Forstwirtschaft, Pfefferküchlerei, Töpferei und Blaudruck vorgestellt.

Der Themenrundgang STADT
Im Stadt-Rundgang wird die über 1000-jährige Geschichte Bautzens lebendig. Am Anfang steht das Jahr 1002. Damals erwähnt Bischof Thietmar von Merseburg erstmals Bautzen als „civitas Budusin“ in seiner Chronik. Der historische Spaziergang führt weiter über das Wachsen der Stadt im Mittelalter, die Berührung durch Kriege in der Neuzeit, das kulturelle Leben im 19. Jahrhundert und endet mit der „Friedlichen Revolution“ von 1989 – um nur einige Stationen zu nennen.

Der Themenrundgang KUNST
Der dritte Themenbereich ist den Schätzen aus der Kunstsammlung vorbehalten. Im Kirchenraum werden wertvolle Altarensembles aus dem frühen 16. Jahrhundert sowie spätgotische sakrale Schnitzplastik aus der Zeit um 1370 präsentiert. In der Schatzkammer sind meisterhafte Uhren, französisches Jugendstilglas, feinstes Porzellan, kuriose Napoleonika und kunstvoll verzierte Fächer und Kämme versammelt. Entlang der Werke von Lukas Cranach d. Ä., Carl Gustav Carus, Franz von Lenbach, Robert Sterl, Otto Dix und Carl Lohse führt der Gang durch die Gemäldegalerie. Er endet im 21. Jahrhundert bei zeitgenössischen Künstlern aus der Region.

Die modern gestaltete Präsentation der Ausstellungsstücke und die detaillierte Aufbereitung der Informationen werden ergänzt durch verschiedene Möglichkeiten der Interaktion. Unter anderem gibt es Hörstationen, Filmsequenzen, interaktive Medienstationen und zahlreiche Schubfächer, die zum Aktivwerden einladen. Wechselnde Sonderausstellungen finden das gesamte Jahr über statt und ergänzen die dauerhafte Präsentation des Museums Bautzen.
Mit Vorträgen, Lesungen, Museumsgesprächen, Rätsel- und Spielpfaden für Kinder sowie Kreativangeboten hält das Museum Bautzen abwechslungsreiche Angebote für große und kleine Museumsbesucher bereit.